Как мога да съединя две таблици в множество колони в CakePHP 3?

Да, възможно е. Просто използвайте масиви, за да изразите колоните, които трябва да бъдат съвпадащи:

$this->belongsTo('Things', [
    'bindingKey' => ['key1', 'ke2'],
    'foreignKey' => ['fk1', 'fk2']
]);

Това ще съответства на key1 = fk1 и key2 = fk2