1064, Имате грешка във вашия SQL синтаксис;... Python MySQL

data стойността е списък и се опитвате да го форматирате в заявката. И не използвайте форматиране на низове за вмъкване на променливи в заявка - използвайте правилна параметризация на заявката вместо това:

cursor.execute("""
    UPDATE 
        tplinkus_rma.rma_order 
    SET 
        rma_num=%s 
    WHERE 
       order_id=%s""", (data[0], Id))

Обърнете внимание как параметрите на заявката се поставят в кортеж и се предават като отделен аргумент.