Да се ​​изтрият ли няколко реда с PDO и квадратчета за отметка с помощта на подготвени оператори?

Присвоявате същия name="deletetask" за всяко квадратче за отметка. Така че, когато изпратите формуляра си, получавате само последно избрания deletetask стойност. Така че грешката ви е тук

<input class="checkbox" name="deletetask" value=

Би трябвало да е

<input class="checkbox" name="deletetask[]" value=

Така че трябва да преименувате deletetask до deletetask[] така че вашите квадратчета за отметка се изпращат като масив и след това направете нещо като

$todelete = $_POST['deletetask']; 
//or $_GET, if you are submitting form through get. But I would recommend you using POST
$stmt = $pdo->prepare("DELETE FROM table WHERE id = ?");
foreach ($todelete as $id)
    $stmt->execute($id);