изберете да актуализирате с различен mysql

UPDATE table AS t
  JOIN table AS tt
    ON t.initials = tt.initials
     AND t.surname = tt.surname
     AND t.company = tt.company
     AND t.id > tt.id
SET t.active = 1;

Тоест за всеки ред го актуализирайте, ако има друг ред с по-нисък идентификатор, със същите инициали, фамилия и фирма.

Ето един sqlfiddle за това.