В ретроспекция това беше наистина глупава, но трудно забележима грешка. Стойностите е ключова дума в sql, така че стойностите на името на таблицата се нуждаят от кавички около нея.
def __insert_values(self, values):
cursor = self.connection.cursor()
cursor.executemany("""
insert into `values` (ensg, value, sampleid)
values (%s, %s, %s)""", values)
cursor.close()
