Трябва да създадете нов масив с тази структура, преди да го кодирате като json обект. Това ще свърши работа (вашият нов форматиран масив е в $new_array, така че можете просто да го кодирате с json):
$new_array = array();
foreach($pdo_response as $bf) {
if(empty($new_array[$bf['volume_name']])) {
$new_array[$bf['volume_name']] = array("key" => $bf['volume_name'], "values" => array());
}
$new_array[$bf['volume_name']]['values'][] = array("x" => $bf['recoreded'], "y" => $bf['volume_files_used']);
}
Използвайте array_values(), ако искате цифрови ключове (0 - ....) за първото измерение.