DDL изявленията причиняват имплицитен комит и не можете да направите нищо по въпроса. Няма начин да се спре това поведение.
Кои DDL изрази имат това поведение се променя с времето, така че трябва да проверите за вашата версия.
5.1 http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/en/implicit-commit.html
5.5 http://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/implicit-commit.html
5.6 http://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/en/implicit-commit.html
Когато просто разширяваме схемата, нови таблици/колони/изгледи/procs/и т.н., които няма да повлияят на съществуващия код, тогава автоматизацията е наред, просто проверете за грешки и ги поправете.
Когато те ще засегнат съществуващия код, тогава трябва да разработите стратегия за всеки отделен случай. Тъй като няма връщане назад, имате нужда от собствен план за резервно копие и трябва да го тествате обстойно.
Тъй като това е за всеки отделен случай, не мога да предложа много като помощ за вашата конкретна ситуация.
