JDBC не изпълнява командата SHOW DATABASES

Това не е най-добрият начин да получите списък с бази данни в JDBC. Ето как се прави - с помощта на метаданни

Class.forName("com.mysql.jdbc.Driver");
Connection con = DriverManager.getConnection("jdbc:mysql://localhost/:3306","root","password");
DatabaseMetaData meta = con.getMetaData();
ResultSet resultSet = meta.getCatalogs();
while (resultSet.next()) {
   String db = resultSet.getString("TABLE_CAT");
   model.addRow(new Object[] {db});
}
resultSet.close();
con.close();

Вижте също:как да получите списък с имена на "схема" на бази данни на MySql с помощта на java JDBC