Имах същата грешка. Решението беше да коригирам разрешенията на директорията и файловете на журнала:
sudo chown -Rv mysql /var/log/mysql
Актуализацията/преинсталирането вероятно ви помогна, защото скриптът за инсталиране на mysql коригира разрешенията вместо вас.