Поставянето на jar файла в $glassfish-v3-install-root/glassfish/lib се оказа правилно.
"SEVERE: RAR5111 : Error casting to javax.sql.Datasource java.lang.ClassCastException: com.mysql.jdbc.Driver cannot be cast to javax.sql.DataSource"
Според мен грешката е причинена от неправилна настройка за jdbc пул на сървъра на glassfish. Но отидете на администраторската конзола, достъпна от раздела „сървър“ на Netbeans, отидете на „JDBC“, „Пулове за връзки“, изберете „java.sql.driver“ като тип ресурс и „com.mysql.jdbc.driver“ тъй като името на класа на драйвера ще се отърве от проблема с кастинга.
Щракнете върху бутона „Ping“ в горната част, за да се уверите, че се свързвате.