Актуализирайте полето MYSQL само ако полето съдържа null или 0

Опитайте това:

...
ON DUPLICATE KEY UPDATE
rFormat=VALUES(rFormat),
rFiles=IF(ISNULL(rFiles), VALUES(rFiles), VALUES(rSizeMB)),
rText=VALUES(rText);

Не съм използвал по-усъвършенствани неща от MySQL (като IF) от известно време, така че не съм положителен за това, но би трябвало да е правилно. Ключовата част е задаване на rFiles на стойността, върната от IF.