Изберете и вмъкнете в множество бази данни с MySQL

Използвайте:

INSERT INTO db1.table1
SELECT *
  FROM db2.table2 t2
 WHERE NOT EXISTS(SELECT NULL
                    FROM db1.table1 t1
                   WHERE t1.col = t2.col)

Съществуването е опростено, но сте пропуснали, ако има първичен ключ/auto_increment, за който да се притеснявате/и т.н.