Няма нужда да синхронизирате нищо,
entityManager не е безопасен за нишки и е проектиран да бъде инстанциран за всяка единица работа и унищожен веднага след това.
Напротив, фабриката е скъпа за създаване и трябва да се използва повторно
Вижте http://docs.oracle.com/javaee/6/ урок/doc/bnbqw.html „Мениджъри на обект, управлявани от приложения“ и https://stackoverflow.com/a/22773758/2087640