Нуждаете се от ПАЗАРУВАНЕ от ЛЯВАТА страна, тъй като дясната страна е тази, която може да няма данни, в този случай ПРОДУКТ.
Не само това, имате нужда от условието WHERE като условие LEFT-JOIN ON, така че то да се присъедини към продуктите в състояние на състоянието и просто да отстъпи продукта (докато запазвате магазина), дори ако състоянието не е желано.
select s.name
, p.name
, count(p.id)
from Shop as s
left join Product as p on p.shop=s.id AND p.status <> '8796107276379'
group by
s.id, p.name