Успях да архивирам и възстановя блобовете, като използвах следната команда mysqldump:
mysqldump --opt --skip-extended-insert --max_allowed_packet=128M -u root myDB > filename
Не съм сигурен дали посочва max_allowed_packet
на командния ред или skip-extended-insert
това свърши работа.
Предполагах, че моят max_allowed_packet
се използва от 32M, но мисля, че в конфигурационния файл на mysql той е в секцията [mysqld] и така вероятно не се отнася за dump.
Все още не разбирам защо не получих грешки нито при изхвърлянето, нито при възстановяването.