Използване на MySQL5InnoDBDialect просто казва на Hibernate да добави "ENGINE=InnoDB" при генериране на DDL по време на експортиране на схема, нищо повече. Не съм сигурен обаче, че съществуващите таблици ще бъдат променени. Така че, ако имате съществуващи таблици, използващи MyISAM, може да се наложи да ги промените ръчно.
