За да разреша тази грешка, поставих това в моя App.config:"codeConfigurationType"
<entityFramework codeConfigurationType="MySql.Data.Entity.MySqlEFConfiguration, MySql.Data.Entity.EF6">
Защо? Възможно е конфигурациите да не предават местоположението на MySqlEFConfiguration.
Тук използвам само Mysql , не знам дали това работи на SQLServer и Mysql togueter.
За вашия проблем тази връзка може да бъде полезна:Връзка
И можете да имате 2 отделни файла configuration.cs. Един за MySql и други за MSSQL