Не можете да създавате външни ключове в InnoDB таблици, препращащи MyISAM таблици.
http://dev.mysql.com /doc/refman/5.0/en/innodb-foreign-key-constraints.html
Така че да, ще трябва ръчно да наложите ограниченията от кода на приложението си, ако не промените механизма за съхранение.
LIKE '%XXX%' търсенията не са пълнотекстови; освен ако всъщност не сте посочили пълнотекстов индекс и не използвате функции за съвпадение на пълен текст, не е необходимо да използвате механизма MyISAM.
