Можете да редактирате целия низ. .
Имам предвид просто използването на функцията str_replace
например
$string = "skype,teamviwer,notepad";
$old_value = "skype";
$new_value = "facebook";
$new_string = str_replace($old_value,$new_value,$string);
След това просто актуализирайте този нов низ в таблицата на базата данни. .