как да добавя, редактирам и изтривам разделена със запетая стойност на базата данни?

Можете да редактирате целия низ. .

Имам предвид просто използването на функцията str_replace

например

$string = "skype,teamviwer,notepad";

$old_value = "skype";

$new_value = "facebook";

$new_string = str_replace($old_value,$new_value,$string);

След това просто актуализирайте този нов низ в таблицата на базата данни. .