Тази грешка няма нищо общо с php.ini, очевидно е съобщение за грешка от СУБД.
Можете да увеличите стойността на max_allowed_packet във файла my.cnf:
[mysqld]
max_allowed_packet = 128M
След рестартиране на mysqld трябва да работи (за по-големи данни увеличете стойността повече)
Ако се опитате да "импортирате с шпакловка", предполагам, че използвате mysql от командния ред, в този случай можете да стартирате mysql с параметъра --max_allowed_packet, например:
mysql --max_allowed_packet=128M -u root -p sampledb < dump.sql
Като алтернатива, ако източникът на файла е в рамките на работеща сесия на mysql, можете да зададете параметъра чрез:
set global max_allowed_packet=128M;
Само последният пример е в сила до следващото рестартиране на mysqld, за постоянно решение се придържайте към първия ми пример.
