В повечето ситуации бих препоръчал да изберете един db за проект, ако проектът не е голям. При наистина големи проекти (или предприятия като цяло), Мисля дългосрочните организации ще използват комбинация от
- RDBMS за високо транзакционен OLTP
- NoSQL
- проект за съхранение на данни/BI
Но за неща с по-разумен обхват, просто изберете този, който е в основата на случая на употреба, и го използвайте за всичко.
IMO съхраняването на потребителски данни в mongodb е добре - можете да правите атомарни операции върху единични BSON документи, така че операции като "разпределете ми това потребителско име атомарно" са изпълними. С регистрационни файлове за повторно изпълнение (--journal ) (v1.8+), репликация, slavelayed репликация, е възможно да имате доста висока степен на безопасност на данните - толкова висока, колкото другите db продукти на хартия. Основният аргумент срещу безопасността би бил, че продуктът е нов, а старият софтуер винаги е по-безопасен.
Ако трябва да извършвате много сложни ACID транзакции – като счетоводство – използвайте RDBMS.
Също така, ако трябва да правите много отчети, mysql може да е по-добър в момента, особено ако наборът от данни се побира на един сървър. Инструкцията на SQL GROUP BY е доста мощна.