Използвайте lsof -i TCP:3306 или netstat -lp | grep 3306 за да разберете какво вече слуша на порт 3306 - нещо трябва да слуша на него.
Можете да помислите да гледате сървъра на друг порт (редактирайте my.cnf и променете порта по подразбиране там).
Може да се наложи да стартирате това като root, т.е. sudo lsof -i TCP:3306
