Игнорират ли много малките MySQL таблици индекси?

NOT IN ( SELECT ... ) е много лошо оптимизиран, особено в по-старите версии.

Променете на това:

SELECT  abc.*
    FROM  abc
    LEFT JOIN  zyx  ON zyx.abc_id = abc.id
    WHERE  zyx.abc_id IS NULL;
AND  zyx.id = 12345 ;

За zyx има или INDEX(id, abc_id) или INDEX(abc_id, id)

Ако zyx.id е PRIMARY KEY , вашата заявка няма особен смисъл – защо да тествате за един ред (12345)?