След като опитах няколко поправки, стартирах MySQL сървъра с$ sudo mysql.server start
след това продължи с $ mysql_secure_installation
за да зададете паролата за root потребителя.
Това проработи за мен.
Забележка:Homebrew ви моли първо да направите mysql_secure_installation
преди да стартирате MySQL сървъра за първи път, но това доведе до гореспоменатата грешка.