Как мога да ускоря MySQL заявка с клаузи WHERE в две колони?

Трябва да имате един индекс и за двете полета

ALTER TABLE alert_hit ADD INDEX `IDX-alert_id-timestamp` (`alert_id`, `timestamp`);

Също така MySQL ще използва индекса с няколко колони до първото поле, за което има условие за диапазон в клаузата WHERE, така че в този случай редът има значение и timestamp трябва да е последно в индекса.

Както е предложено от @spencer7593, избирайки COUNT(1) вместо count(id) може и да е по-добре.