MySQL поддържа единен набор от буфери за всички бази данни. По отношение на производителността няма значение дали таблиците са в различни бази данни.
Вашият случай на употреба е граничен, но изглежда разумен случай за агрегиране на данни от отделни бази данни.
Все пак ще внимавам с тази архитектура. Ако вашите приложения започнат да споделят повече от няколко таблици, запитайте се дали тези приложения са наистина различни приложения или по-скоро модули на едно и също приложение. В последния случай би имало смисъл да имам всички таблици в една база данни.
Ако сте загрижени за сигурността, моля, имайте предвид, че повечето права за достъп може да бъдат предоставени на база таблица (или дори колона) .