MySQL:Групиране по и преброяване на множество полета

select project_id, service_id, count(*) as count 
from tbl group by project_id, service_id
order by count(*) desc

Просто добавете service_id към вашата group by и select списък. Това трябва да стане.

РЕДАКТИРАНЕ -

Според коментар от @Rajah изглежда, че за очаквания резултат трябва да използвате

order by project_id asc, service_id asc