SQLAlchemy и се присъединява, нямаме външни ключове

Имате две възможности. Можете да предадете условието за присъединяване в join така:

j = join(users, comments, onclause=users.c.id == commends.c.user_id)

Ако дефинирате това като orm.relationship свойство, параметърът на ключовата дума ще бъде primaryjoin вместо onclause .

Подходът, който предпочитам обаче, е просто да лъжа . Информирайте SQLAlchemy, че има външен ключ, въпреки че няма.

comments = Table('comments', metadata,
    Column('id', Integer, primary_key=True),
    Column('user_id', Integer, ForeignKey('users.id')),
    ...
)

SQLAlchemy ще продължи така, сякаш външният ключ действително присъства, въпреки че действителната база данни го няма. Разбира се, може да срещнете проблеми, ако подразбиращото се ограничение за външен ключ е нарушено (comments.user_id когато няма съответен users.id ), но така или иначе вероятно ще имате проблеми.