Възможно е да имате някои големи оператори за вмъкване, които са по-големи от максималния ви размер. Проверете вашия файл /etc/mysql/my.cnf или където и да е. Не мога да си спомня какво е по подразбиране - но задаването му на нещо голямо като по-долу може да помогне.
Това е една от опциите
[mysqld]
max_allowed_packet = 16M
А може би и по друг начин
[mysqldump]
max_allowed_packet = 16M
