Преди всичко трябва да използвате класове за вашите избрани вместо идентификатор. jQuery ще върне само един елемент, когато използвате идентификатор. След това следната функция ще преобразува всички стойности на избраните, които давате като параматер като масив.

/**
 * Convert select to array with values
 */    
function serealizeSelects (select)
{
    var array = [];
    select.each(function(){ array.push($(this).val()) });
    return array;
}

И така:

var course_ids = serealizeSelects($('.course_id'));

Трябва например да върне:

[1,3,2]