Отнесете се към първата заявка като към подзаявка във втората:
$query = "SELECT * from CatalogueItems WHERE itemID IN ";
$query .= "(" . $querystring . ")";
Това е за предпочитане пред настоящия ви подход, защото трябва да направим само едно пътуване до базата данни.
Имайте предвид, че в идеалния случай трябва да използвате подготвени изявления тук. Така че първата ви заявка може да изглежда така:
$stmt = $conn->prepare("SELECT itemID from mycart where email = ?");
$stmt->bind_param("s", $email);