Опитайте да получите заявката, която CodeIgniter изпълнява, като използвате следния код:
$this->db->last_query();
Също така публикувайте заявката, която използвате за взаимодействие с MySQL, само за да потвърдите, че се изпълнява точно същата заявка.
CodeIgniter има хак за MySQL, който коригира отчитането на засегнатите редове, но останах с впечатлението, че е само за DELETE заявки. Ако погледнете system/database/drivers/mysql/mysql_driver.php
или system/database/drivers/mysqli/mysqli_driver.php
(който и драйвер да използвате и вижте променливата var $delete_hack = TRUE;
. Коригирането, което може да повлияе на резултата ви, може да си струва да опитате?