Грешката е много ясно обяснена в предупредителното съобщение, то игнорира вашия my.cnf .
Опитайте да изпълните следното и след това рестартирайте сървъра
chown mysql:mysql /etc/mysql/my.cnf
chmod 600 /etc/mysql/my.cnf
Това ще настрои собственика на файла на mysql и разрешенията 600 ще даде само на потребителя mysql достъп за четене и запис във файла, това ще забрани достъпа на всички други потребители.
