Както е посочено в ръководството :
Мисля, че ще трябва да извършите тази операция чрез временна таблица:
CREATE TEMPORARY TABLE temp
SELECT part_desc
FROM ag_master
GROUP BY part_desc
HAVING COUNT(*) > 1000;
DELETE FROM ag_master WHERE part_desc IN (SELECT part_desc FROM temp);
DROP TEMPORARY TABLE temp;