Предполагам, че използвате машина за съхранение, която поддържа транзакции (напр. InnoDB), но не извиквате db.commit() след ИЗТРИВАНЕ. Ефектът от DELETE се отхвърля, ако не се ангажирате.
Вижте http:// mysql-python.sourceforge.net/FAQ.html#my-data-disappeared-or-won-t-go-away :
Вижте също този подобен SO въпрос:Заявката за актуализиране на Python MySQLdb е неуспешна
