Проблемът тук изглежда достатъчно ясен.
---TRANSACTION 7490, ACTIVE 3047 sec
MySQL thread id 189, OS thread handle 0x7f03be9fb700, query id 3840 10.0.2.1 root cleaning up
Trx read view will not see trx with id >= 7491, sees < 7491
---
Нишка 189 (клиентска връзка) е неактивна и както е била от известно време, но е оставила транзакция да работи. Това вероятно е грешка в кода, който използва базата данни, тъй като няма смисъл да оставяте текуща транзакция да продължи почти час.
mysql> KILL 189;
Това би трябвало да освободи заключването на метаданните... но трябва да разберете защо това се случва. Bad Things™ ще се случат, ако дадено приложение не се държи по-добре от това.
Също така... приложението ви не трябва да се свързва като root
. Не е свързано с проблема, но не е добре, ако това е това.