Изпълнение на множество заявки в codeigniter, които не могат да бъдат изпълнени една по една

Може би да използвате транзакции?

$this->db->trans_start();
$this->db->query('AN SQL QUERY...');
$this->db->query('ANOTHER QUERY...');
$this->db->query('AND YET ANOTHER QUERY...');
$this->db->trans_complete(); 

https://www.codeigniter.com/user_guide/database/transactions.html