CREATE TABLE IF NOT EXISTS се проваля, като таблицата вече съществува

Опитайте това

$query = "SELECT ID FROM USERS";
$result = mysqli_query($dbConnection, $query);

if(empty($result)) {
                $query = "CREATE TABLE USERS (
                          ID int(11) AUTO_INCREMENT,
                          EMAIL varchar(255) NOT NULL,
                          PASSWORD varchar(255) NOT NULL,
                          PERMISSION_LEVEL int,
                          APPLICATION_COMPLETED int,
                          APPLICATION_IN_PROGRESS int,
                          PRIMARY KEY  (ID)
                          )";
                $result = mysqli_query($dbConnection, $query);
}

Това проверява дали има нещо в таблицата и дали връща NULL нямате маса.

Също така няма BOOLEAN тип данни в mysql, трябва да INT и просто го задайте на 1 или 0 при вмъкване в таблицата. Освен това нямате нужда от единични кавички около всичко, точно когато кодирате данни в заявката.

Така...

$query = "INSERT INTO USERS (EMAIL, PASSWORD, PERMISSION_LEVEL, APPLICATION_COMPLETED, APPLICATION_IN_PROGRESS) VALUES ('[email protected]', 'fjsdfbsjkbgs', 0, 0, 0)";