Имах същия проблем. Открих, че първата инстанция, която отворите, просто продължава да се върти, когато се опитвате да изпълните прости оператори за избор с това, което изглежда без причина. Не можете дори да затворите раздела, след като е отворен, без да затворите целия MySQL Workbench. Въпреки това, ако отворите същия екземпляр отново, изглежда, че работи добре.