Опитайте да използвате модел на вложен набор. Описано е в Управление на йерархични данни в MySQL .
Голямото предимство е, че не е нужно да използвате рекурсия за извличане на дъщерни възли, а заявките са доста прости. Недостатъкът е, че вмъкването и изтриването отнема малко повече работа.
Също така се мащабира много добре. Знам за една изключително огромна система, която съхранява йерархии на дискусии, използвайки този метод.