Успях да намеря решение на този проблем. Вместо да зареждам базата данни директно от скрипта INNO, написах sql командите в пакетен файл и изпълних .bat от скрипта.
Въведете това в документ за бележник и го запишете като loadDB.bat . Първият ред задава пътя на вашата директория до мястото, където е инсталиран вашият mysql.exe. Следващият ред създава празна база данни. (Не знам защо, но не мога t накарайте mysql да зареди файла на базата данни, без първо да създавате празна база данни на сървъра) Последният ред е командата mysql за зареждане на базата данни от вашата база данни, sql файл.
Сега във вашия INNO скрипт под секцията [FILES] добавете .bat файла
И под секцията [RUN] изпълнете .bat. Обърнете внимание, че този ред трябва да е последният ред в секцията [RUN], защото трябва да се изпълнява само след инсталиране на Mysql сървъра.
Сега компилирайте и стартирайте настройката.
Като странична бележка:не съм го пробвал, но може би ако добавите командите mysql в .bat директно в inno скрипта с правилните параметри, бихте могли да заредите базата данни без нужда от пакетен файл.
Надявам се това да реши проблема ви.