MySql Inner Join с клауза WHERE

Да, прав си. Поставихте WHERE клауза грешна. Можете да използвате само едно WHERE клауза в единична заявка, така че опитайте AND за множество условия като това:

 SELECT table1.f_id  FROM table1 
   INNER JOIN table2
     ON table2.f_id = table1.f_id
 WHERE table2.f_type = 'InProcess'
   AND f_com_id = '430'
   AND f_status = 'Submitted'