Имах същия проблем, когато актуализирах mysql сървъра от 5.5 на 5.7 в Debian 8 (jessie). В редки случаи това вероятно се случва, ако актуализирате директно, заобикаляйки последователностите от версии. (Много хора правят това, но такива надстройки не се поддържат официално). В моя случай работеше добре, когато изпълних командата по-долу:
mysql_upgrade --force -uroot -p
Надявам се това да ви помогне
