избрани потребители имат повече от един отделни записи в mysql

просто добавете клауза с

SELECT userId, COUNT(DISTINCT webpageId) AS count 
FROM visits 
GROUP BY userId
HAVING COUNT(DISTINCT webpageId) > 1

но ако имате само това ID

SELECT userId
FROM visits 
GROUP BY userId
HAVING COUNT(DISTINCT webpageId) > 1

• SQLPiddle Демо

причината, поради която филтрирате по HAVING клауза, а не на WHERE е защото, WHERE клаузата не може да поддържа колони, които са обобщени .