За съжаление трябва ръчно да почистите неуспешните миграции за MySQL. MySQL не поддържа промени в дефиницията на транзакционна база данни.
Rails 2.2 включва транзакционни миграции за PostgreSQL. Rails 2.3 включва транзакционни миграции за SQLite.
Това всъщност не ви помага за проблема ви в момента, но ако имате избор на база данни за бъдещи проекти, препоръчвам да използвате такава с поддръжка за транзакционен DDL, защото прави миграцията много по-приятна.
Актуализация – това все още е вярно през 2017 г. за Rails 4.2.7 и MySQL 5.7, докладвано от Алехандро Бабио в друг отговор тук.
