Информацията, която искате, може да бъде намерена, като стартирате
mysql --help
или
mysqld --help --verbose
Опитах тази команда на моята машина:
mysql --help | grep "Default options" -A 1
И се разпечата:
Default options are read from the following files in the given order:
/etc/my.cnf /usr/local/etc/my.cnf ~/.my.cnf
Вижте дали това работи за вас.