Имах същата грешка, когато случайно намалих моята версия на MySQL от 8 на 5.7. При първото стартиране по-старата версия счупи нещо, така че версия 8 показваше грешката по-горе. В моя случай трябваше да вляза първо в докер контейнера, където MySQL работи
docker exec -it mysql bash
След това по същество следвах стъпките тук
mysql -u root -p
mysql> SET GLOBAL innodb_fast_shutdown = 1;
mysql_upgrade -u root -p
Това отне няколко минути, но след това всичко заработи отново.