Попаднах на това снощи. Открих, че FIND_IN_SET работи тук:
SELECT * FROM table WHERE FIND_IN_SET(id, @parameter) != 0
...
intArray = new List<int>(){1,2,3,4};
conn.Command.Parameters.AddWithValue("parameter", string.Join(",", intArray));
Очевидно това има някои ограничения на дължината (намерих публикацията ви, търсеща алтернативно решение), но това може да работи за вас.
