Това е чисто php решение, което изглежда е най-простото решение от това, което успях да намеря досега.
$result = mysql_query("SHOW FULL PROCESSLIST");
while ($row=mysql_fetch_array($result))
{
$process_id = $row["Id"];
if ($row["Time"] > 200 )
{
$sql="KILL {$process_id}";
mysql_query($sql);
}
}
И стартирайте това от CRON скрипт на всеки 60 секунди.
Ако някой намери по-добро решение на този проблем, моля да ме уведоми
