Можете да използвате log_message и да проверите регистрационните файлове, ако y се държи според очакванията:
http://ellislab.com/codeigniter/user-guide/general/errors .html
Обикновено използвам просто echo '<pre>'; print_r($query->result());die;
непосредствено след формиране на $query. По-бързо е.